此时刑部才开始进行全方面的整理，并重新审理此案，杨乃武和小白菜也被押往京城并接受审讯。结果，经过一番详细查证和检验，发现死者葛品连并非中毒。
光绪三年二月，慈禧下旨，革除杨昌浚、刘锡彤等人的职位。二月底，杨乃武与小白菜被无罪释放。至此，历时三年零四个月的冤案，得以沉冤昭雪。
杨乃武出狱后，先是在京城拜见了各位帮助过的官员，回到杭州后又特地登门拜访胡雪岩，当面叩谢胡雪岩的解救之恩。杨乃武一家由于告状而变卖家产，已身无分文，于是胡雪岩又资助了他们几百两银子，赎回了房子和土地，从此以后杨乃武回到余杭以种桑养蚕为生，直到1914年去世。而小白菜回到杭州之后，在尼姑庵落发为尼，于1930年去世。
在清代四大冤案中，杨乃武与小白菜一案恐怕是最冤枉的一件。杨乃武和小白菜的遭遇让当时的人们看到了清代地方官员的腐败，而官官相护，也是这个朝代最终没落的原因之一。尽管如此，但也不难看出，正义之士到处都在，而胡雪岩便是其中一位。当时杨菊贞在走投无路的时候，是胡雪岩挺身而出，在中间起到了关键的作用。要是没有胡雪岩，不知道这件案子还要牵扯到什么时候，或许就以杨乃武与小白菜的死罪而告终，永远都不会有翻案的机会。但是经过胡雪岩在其中帮助才对此案起到了极大的推动作用，也正是因为这样，此案才得到了慈禧太后的重视，最终使冤案得以沉冤昭雪。